La misión de Aequalis es contribuir al mejoramiento del acceso, la calidad, equidad y eficiencia del sistema de educación superior chileno, tanto universitario como técnico-profesional. Para esta finalidad, cuenta con Unidades de Trabajo, integradas por expertos, que elaboran propuestas de políticas públicas sobre temas específicos, con carácter participativo, pluralista, innovador y abierto a las mejores prácticas nacionales e internacionales.

Aequalis también cumple su misión promoviendo el diálogo entre los distintos actores en el ámbito de la educación superior, mediante la realización de instancias de diálogo como: mesas de trabajo, talleres, congresos, conversatorios, seminarios, publicaciones, notas técnicas y columnas de opinión.